台湾の考古学研究が1896年に始まってから、100年以上もの月日が経ちました。その間、本研究所が民国38年に台湾へ移ってきて、中原考古学の研究者と学術の伝統も台湾へともたらされました。現在、本研究所の考古学研究は台湾の歴史と文化を主要テーマとして台湾各地で考古遺跡の調査と発掘に携わり、同時に科学的方法によって時空軸を決め、種族関係、社会発展状況、生態適応状況や、集落の形態、相互交易などについても探求してきました。近年では、考古遺産の緊急調査や保護、社会教育活動にも力を尽くしています。