本區介紹臺灣被納入中華帝國的早期歷史,內容包括清廷內閣大庫中所保存鄭氏父子統治臺灣期間的史料、象徵臺灣正式被納入帝國體制的臺灣輿地圖、記錄十七、八世紀平埔族的社會面貌與文化特徵的「番社采風圖」,以及本所學者在一九三○年代收集的原住民相關文物。