臺灣考古
臺灣的考古學研究，始自1896年，至今已經超過一百年。本所於1949年遷至臺灣， 將中原考古的人才及學術傳統帶到臺灣，使考古學在臺灣有了蓬勃的發展。 本所的考古學研究人員，以重建臺灣的歷史與文化為主要的研究旨趣，在臺灣各地調查及發掘考古遺址。近年來，為因應各種開發建設對考古遺址所造成的破壞，更肩負起考古資產的搶救、維護與教育推廣的任務。
考古田野工作
考古田野工作是一個長期、縝密與系統性的作業流程，從調查、確認遺址位置、規劃探坑、逐層發掘，到出土遺留的清理、測量與紀錄，每一個步驟都需依賴各式工具輔助進行。
契約考古
從日本考古學者開始，臺灣考古學都是以學術研究為取向，但自1970年代以後，由於搶救考古觀念的引進，加上重大工程建設的陸續開發，以及 1982 年《文化資產保存法》施行後，針對工程建設對人文史蹟可能造成的破壞，明文規定在開發前須進行環境影響評估研究。在這樣的規範之下，臺灣考古學者不斷有機會接受公、私機構委託，以任務取向為主，執行各種契約性的考古工作，使得臺灣考古學與現代社會密切結合。
歷史考古
歷史考古顧名思義就是針對歷史時期的史蹟或遺址進行考古學研究，與史前考古最大的差異在於歷史時期有各種不同形式的文獻資料可供參考驗證。此外歷史考古亦屬於跨學科的學門，歷史學、建築學及文化人類學均扮演重要角色。一方面是歷史的取向，著重運用考古材料建構文字歷史以外的文化樣貌，填補歷史的空白。一方面是人類學的取向，重視臺灣參與到廣大的現代世界形成過程中，面臨的文化適應與社會變遷課題，其中貿易、交換、物品流動、人群遷移即是核心議題。
考古學視野下的近現代臺灣生活樣貌
臺灣自16世紀以來與外人接觸日深，尤其是近現代的漢人移墾與日本拓殖事業，儘管自歷史時期以來，我們已可透過不同形式的文獻資料來理解當時的社會文化，但考古遺留仍是更為直接與貼近庶民日常生活的證據，器物上的轉變更見證了其中的文化變遷。
在這場時代更迭中，物質文化呈現出明顯的差異。清代的考古遺留，主要呈現了來自中國大陸移民的傳統習慣與偏好。日治時期的遺留，則見證了這塊土地受到的現代化衝擊。既有殖民官僚適應海外生活的痕跡，亦有移民所帶來的日本本島生活樣貌，包括明治時代大量推動的印染瓷器、受歐美文化影響而出現的和洋混食餐具等。
文明生活的推動
臺灣位處亞熱帶，傳染疾病始終是外來政權來臺後所面臨的首要問題。日治時期，臺灣總督府亦深受困擾，為此積極於臺灣推動基礎建設與醫療制度工作以改善衛生環境。1895年起，總督府陸續設立公立醫院、軍方醫院、療養院、專門病院，乃至收容特殊病患的樂生院與養神院，逐步建構起在臺的醫療體系。與此同時，總督府也積極推廣個人衛生觀念——例如在學校課程中納入口腔衛生知識，舉辦衛生展覽會與齲齒預防日，並透過報刊與廣告宣導相關保健知識。牙粉盒的普及，正是這些衛生觀念深入日常生活的具體象徵。另一方面，電氣化亦是現代化生活的重要指標。出土的瓷製電氣絕緣器與插座等工業用品，即呈現了電力如何落實於常民生活中。
玻璃製品的廣泛運用
玻璃製品在當代社會已是隨處可見的生活物件，但從考古證據來看，臺灣廣泛使用玻璃器皿，則始於日治時期。雖然更早於此，臺灣已能透過貿易取得部分玻璃製品，然而直到日治時期，本地才陸續出現由日人或臺人成立的玻璃工廠，玻璃器皿也才逐步進入日常生活各個層面。無論是食品包裝瓶、保養品容器、藥品瓶罐等，都呈現出玻璃製品在生活中逐漸普及。這也反映出臺灣社會逐步邁入近代輕工業化與現代生活的轉型。
科技考古
科技考古採納現代自然科學實驗技術與理論來進行考古學研究，主要關注考古遺物材質本身以及生態環境所承載的資訊，以提供更為完整的古代人群生活面貌。 從發掘探測工具（例如透地雷達、GPS）到對考古遺物的分析（例如碳十四定年、同位素分析、古DNA研究），科技考古對於考古學研究目標的達成皆能提供相關專業上的知識與訊息，更加豐富古代遺留所反映時間與空間上的文化內容與環境景觀，是類型學和文化理論所無法掌握的。 本展區介紹兩個科技考古的方法，分別是「陶器切片的岩象分析」以及「玻璃珠的來源分析」。
環境考古學
所關注的是古代人類與環境的互動與依存關係，研究古代人類生活所處的自然與社會環境，探討人類對不同環境的適應策略和所衍生的工藝技術，以及人類與環境的交互影響。環境考古學將人類置於更廣大的範圍脈絡－即「生態系統」─當中，自然環境（動植物、水、地形等等）、人類社會（經濟、技術、文化等等）等不同次系統相互影響，構成一個整體。由於環境考古學要研究的面向相當廣闊，涵括自然科學與人文學科，因此它具有科際整合的特質，採用生物學、地球科學、物理學、化學、社會科學等等領域的理論與方法，以嘗試進一步瞭解過去人類的生活地理環境與文化行為活動。